本作の主人公は、父の営むセレクトショップ「クワトロM」の店員として働く兄・湊カツミと大学生の弟・湊イサミの青年兄弟。

物語の舞台は彼らが暮らす綾香市。むかし妖奇（あやか）星が落ちてそこからうまれたグルジオさまがいくさで争っていた人々を飲んでしまった…、という言い伝えを残す綾香山を臨む街である。ある日、宇宙考古学を研究するイサミが綾香山から異常な磁波を探知し、その調査に向かった兄弟は巨大生物グルジオボーンに遭遇する。逃げ遅れた子供を助ける兄弟、グルジオボーンの吐く火球が迫ったその時、2人は光の渦に包まれ目の前に現れたジャイロとクリスタルを手に取りウルトラマンへと変身するのだった――！