2199年、真の結末―――
イスカンダルからの帰路、ヤマトの前に新たな敵、ガトランティスが立ち塞がる！！

時に西暦2199年。苦難の航海を経て、目的地イスカンダルで〈コスモリバースシステム〉を受領したヤマトは、いままさに大マゼラン銀河を後にしようとしていた。
　だが突如、大マゼラン外縁部で謎の機動部隊と遭遇する。
　彼らこそは蛮勇で宇宙にその名を轟かす戦闘民族〈ガトランティス」。指揮官はグタバ遠征軍大都督「雷鳴のゴラン・ダガーム」を名乗り、艦の引き渡しを要求してきた。
　戦闘を避け地球へ急ぎたいヤマトに、突如空間を跳躍し紅蓮の炎が襲い来る。それはダガームが放ったガトランティスの誇る最新兵器〈火焔直撃砲〉の光芒だった。
　間一髪、ワープでダガームの追撃を振り切ったものの、薄鈍色（うすにびいろ）の異空間へと迷い込んでしまうヤマト。ヤマトはまるで意志を持ったように舵を切ると、謎の惑星へと誘われていく。事態打開のため、古代、桐生、沢村、新見、相原の5人は惑星へと情報収集に降下する。
　地表に降り立った彼らが見たものは、そこにあるはずのない[艦（ふね）]。だがその艦内には先客がいた。それは七色星団の戦いを生き残りヤマトへの復讐を誓う、ガミラスのフォムト・バーガー少佐の姿だった。彼らもまたここに迷い込み、脱出できないでいたのだ。
　ヤマトの空間航跡を追ってワープしたダガームもまた、薄鈍色の宇宙へとたどり着く。ヤマトが誘われた眼前に輝く惑星こそ、彼らが探し求めていた宝の星であったのだ。邪魔なヤマトをあぶりだすべく火焔直撃砲の砲門を惑星へと向けるダガーム。果たして古代たちは閉じられた空間を脱出し、ガトランティスの包囲網を突破できるのか。
　一刻も早く地球へ戻りたいヤマト、力で宝の星を求めるガトランティス、ヤマトを討たんとするガミラス―――それぞれの譲れぬ想いが交錯する。

製作年度：2014

原作：西﨑義展／総監督・脚本：出渕 裕／キャラクターデザイン：結城信輝／チーフディレクター：別所誠人／チーフメカニカルディレクター：西井正典／メカニカルデザイン：石津泰志、玉盛順一朗／セットデザイン：青木 薫、高倉武史、小林 誠／撮影監督：青木 隆／美術監督：谷岡善王／色彩設定：鈴城るみ子／編集：小野寺絵美／音楽：宮川彬良／音響監督：吉田知弘／音響効果：西村睦弘／CGディレクター：上地正祐／CG制作協力：SUNRISE D.I.D.／アニメーション制作：XEBEC／製作：宇宙戦艦ヤマト2199製作委員会

沖田十三：菅生隆之／古代 進：小野大輔／森 雪：桑島法子／島 大介：鈴村健一／真田志郎：大塚芳忠／新見 薫：久川 綾／桐生美影：中村繪里子／沢村 翔：近木裕哉／相原義一：國分和人／南部康雄：赤羽根健治／土方 竜：石塚運昇／藤堂平九郎：小川真司／山南 修：江原正士／桐生悟郎：森 功至／斉藤 始：東地宏樹／バーガー：諏訪部順一／ネレディア：園崎未恵／メルヒ：立花慎之介／バーレン：ふくまつ進紗／ダガーム：大友龍三郎／サーベラー：甲斐田裕子／レーレライ：岩男潤子